青海師范大學班禪研究院成立于2013年，是目前國內外唯一一所專門從事班禪研究的學術機構。班禪研究院以弘揚歷代班禪大師愛國愛教思想為宗旨，組織專兼職研究力量，開展學術研究。

1985年，青海民族師范高等專科學校在海南藏族自治州州府共和縣恰卜恰鎮成立。1986年，學校聘請原全國人大常委會副委員長、第十世班禪額爾德尼·確吉堅贊擔任名譽校長。

1987年，第十世班禪額爾德尼·確吉堅贊親臨學校視察工作，對學校建設發展做出了重要指示。十世班禪一生愛國愛教，為維護祖國統一、民族團結，促進藏區社會發展、經濟繁榮做出了卓越貢獻，尤其對青海民族師范高等專科學校的建設給予了大力幫助與支持。十世班禪視察結束后，學校決定修建名譽校長辦公室，并于1989年9月竣工落成。

?2000年，青海省委、省政府調整高等教育結構，整合我省高等教育資源，將青海民族師范高等專科學校與青海師范大學合并，成立了青海師范大學民族師范學院海南校區。民族師范學院成立后，青海師范大學校黨委、校行政高度重視學院的建設，關注海南校區的發展，當了解到名譽校長辦公室年久失修，決定維修名譽校長辦公室，并積極爭取省上有關部門和領導的支持，2011年9月，在省各級領導的大力支持下，名譽校長辦公室維修建設正式啟動，2012年9月工程順利完工。
為繼承和弘揚歷世班禪愛國主義精神，研究歷代班禪重要的學術文化思想，促進民族團結進步先進區創建活動。2013年青海師范大學決定以學校民族師范學院海南校區名譽校長辦公室為依托，成立班禪研究院。同年4月和5月，學校領導先后兩次前往北京拜見第十一世班禪額爾德尼·確吉杰布，向他匯報名譽校長辦公室維修竣工情況和成立“班禪研究院”事宜，并懇請他題寫“班禪研究院”院名。第十一世班禪充分肯定了我校為民族教育事業所做出的貢獻，對學校工作做出重要指示，并用藏漢兩種文字親筆題寫了“班禪研究院”院名。
2013年7月8日，第十一世班禪追尋十世班禪的足跡，專門蒞臨我校班禪研究院視察指導工作。并表示班禪研究院獨一無二，做好班禪研究院工作意義重大。我校與第十世、十一世班禪之間這種特殊的歷史淵源關系，是我們開展班禪研究的特殊優勢。既是繼承和發揚班禪愛國愛教思想，教育新時代青年學子和廣大僧侶、信教群眾，又是對繼承和發揚藏傳佛教優秀文化具有十分重要的現實意義。
班禪研究院現有專職研究員1名（博士），特邀研究員55名，兼職研究員22名。先后派遣部分研究人員到西藏、青海、甘肅和四川等地開展與歷世班禪相關的文獻搜集、考察訪談等工作。研究院現藏800多函藏文古文獻，1000余件歷世班禪相關圖書、資料、音像制品，自編19冊《班禪研究資料選輯》，籌劃出版《班禪研究輯刊》（藏、漢兩文）、《班禪研究資料目錄索引》等。目前，研究院承擔中國藏學研究中心重大招標項目——《歷世班禪文集》的整理與出版工作。經兩年多的搜集、整理、錄入、校勘，目前正在實施項目的第四次校勘、驗收、審閱工作。班禪研究院與中國藏學研究中心、中國藏語系高級佛學院、扎什倫布寺、中央民族大學、民族文化宮等之間搭建了良好的學術平臺和科研合作關系。
在未來工作中，班禪研究院將以研究歷世班禪愛國愛教、利樂有情思想為研究重心。既立足于本土語言資源和文化資源的挖掘上，又以國際化的視野和前沿理論成果來指導研究。力爭在基礎條件建設、班禪學術研究、民族學科建設和科研人才培養方面取得較大幅度提升，將班禪研究院建設成為具有重要影響的學術研究基地和愛國主義、民族團結教育基地。